“ลุ่มน้ำแม่น้ำปราจีนบุรีตอนล่าง” ตั้งอยู่ในภาคตะวันออกของประเทศไทย เป็นลุ่มน้ำสาขาที่สำคัญของลุ่มน้ำบางประกง มีอาณาเขตพื้นที่ครอบคลุม 3 จังหวัด 10 อำเภอ ของจังหวัดปราจีนบุรี นครนายก และฉะเชิงเทรา มีพื้นที่ลุ่มน้ำประมาณ 2,190 ตร.กม. คิดเป็นพื้นที่ร้อยละ 10 ของลุ่มน้ำบางปะกง โดยแม่น้ำปราจีนบุรีเป็นแม่น้ำสายหลักสายสำคัญต่อชุมชนในพื้นที่ได้ใช้ประโยชน์จากแม่น้ำปราจีนบุรี อาทิเช่น การเกษตร การประมง การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ การอุปโภค บริโภค โรงงานอุตสาหกรรม ฯลฯ รวมทั้งเป็นแหล่งน้ำที่มีความสำคัญในเชิงระบบนิเวศ ความหลากหลายของพันธุ์ปลา สัตว์น้ำ และสิ่งมีชีวิตต่างๆ ที่เอื้อประโยชน์ต่อการดำรงชีวิต สร้างอาชีพ และรายได้ชุมชน
ในปีที่ 1 ทางโครงการฯ เริ่มดำเนินงานในพื้นที่ตำบลบางแตน อำเภอบ้านสร้าง จังหวัดปราจีนบุรี ครอบคลุมพื้นที่หมู่บ้านเป้าหมาย จำนวน 13 หมู่บ้าน ต่อมาในปีที่ 2-3 ได้ขยายผลการดำเนินงานสู่ 5 อำเภอ คือ อำเภอบ้านสร้าง, อำเภอเมือปราจีนบุรี, อำเภอศรีมโหสถ, อำเภอประจันตคาม และอำเภอศรีมหาโพธิ์ ในลุ่มน้ำแม่น้ำปราจีนบุรีตอนล่าง ซึ่งจากการดำเนินงานในพื้นที่ ทางโครงการฯ ได้พบปัญหาในพื้นที่ขาดการมีส่วนร่วม การบูรณาการ การจัดสรร และบริหารจัดการน้ำ ระหว่างภาครัฐ ภาคเอกชน และภาคประชาชนเกษตรผู้ใช้น้ำ ส่งผลให้ขาดประสิทธิภาพการใช้ประโยชน์จากน้ำ รวมถึงระบบคลองส่งน้ำเข้าสู่พื้นที่เกษตรกรรม ชำรุดเสื่อมโทรม ส่งผลกระทบต่อประสิทธิภาพและเกิดการสูญเสียของทรัพยากรน้ำ ปัญหาความเสื่อมโทรมของระบบนิเวศ และปริมาณสัตว์น้ำในแม่น้ำปราจีนบุรีตอนล่างลดลง การขาดรายได้เสริมของชุมชน และปัญหาน้ำ ภัยแล้ง คุณภาพน้ำ ทั้งน้ำเสียและการรุกล้ำของน้ำเค็ม
โครงการฯ ได้เล็งเห็นถึงความสำคัญในการปรับปรุงพื้นฟูระบบคลองส่งน้ำเพื่อเพิ่มปริมาณน้ำเข้าสู่พื้นที่เกษตรกรรมและเสริมสร้างเครือข่ายการบริหารจัดการน้ำแบบมีส่วนร่วม โดยการจัดประชุมสัมนาผู้มีส่วนได้เสียและผู้มีส่วนเกี่ยวข้อง ได้ร่วมคิด ร่วมปฏิบัติการ ร่วมรับผลประโยชน์ และร่วมติดตามผลการดำเนินงาน เพื่อจัดสรรน้ำ และเสริมสร้างศักยภาพให้แก่ชุมชนร่วมกัน อีกทั้งการส่งเสริมการทำการเกษตรผสมผสานที่เป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม การสนับสนุนและฟื้นฟูทรัพยากรสัตว์น้ำ โดยการจัดทำเขตอนุรักษ์พันธุ์สัตว์น้ำใน ลุ่มน้ำปราจีนบุรีตอนล่าง รวมถึงการสนับสนุนวัสดุอุปกรณ์ และเสริมสร้างเครือข่ายกลไกการบริหารจัดการทรัพยากรสัตว์น้ำในลุ่มน้ำปราจีนตอนล่างในระยะยาวเพื่อพัฒนาฟื้นฟูระบบนิเวศ และคุณภาพชีวิตชุมชนในพื้นที่ให้ดียิ่งขึ้น